ชูมัคเคอร์เกิดที่เมืองฮูร์ท-เฮอร์มุลไฮม์ (ใกล้กับนครโคโลญ ประเทศเยอรมนี) เขาเริ่มแข่งรถคาร์ทบนสนามที่บิดาสร้างขึ้นเองในบ้านตั้งแต่อายุสี่ขวบ บิดาของเขา โรล์ฟ ชูมัคเคอร์ เป็นผู้จัดการสนามแข่งรถคาร์ทของท้องถิ่น (ตั้งอยู่ที่เมืองเคอร์เพน บ้านเกิดของชูมัคเคอร์) เขาได้รับใบขับขี่ เมื่ออายุสิบสองปี และได้เริ่มเข้าร่วมการแข่งขันในทันที ในระหว่างปีค.ศ. 1984 และ ค.ศ. 1987 มิชชาเอลชนะการแข่งขันรถคาร์ทในเยอรมนีและในทวีปยุโรปหลายรายการ รวมทั้งการแข่งขันฟอร์มูลาโคนิคซีรีส์ ในปีค.ศ. 1988 ชูมัคเคอร์เข้าแข่งขันในรายการฟอร์มูลาฟอร์ดซีรีส์ และในอีกสองปีต่อมาก็ได้เข้าร่วมการแข่งขันรถสูตรสามของเยอรมนี ซึ่งเขาชนะการแข่งขันในปีค.ศ. 1990 ในปีค.ศ. 1991 เขายังคงเป็นดาวรุ่งในวงการรถแข่ง และได้เข้าร่วมโครงการแข่งรถเยาวชนของเมอร์เซเดส-เบนซ์ ในการแข่งขัน เวิลด์ เอนดูแรนซ์ แชมเปียนชิพชนะการแข่งขันในเม็กซิโกซิตีและที่ออโตโพลิส โดยการเป็นนักแข่งให้กับทีม เซาเบอร์-เมอร์เซเดส-เบนซ์ C291 เขายังได้เข้าแข่งในรายการฟอร์มูลา 3000 ของญี่ปุ่น รวมทั้ง รายการเยอรมันทัวริงคาร์เป็นเวลาสั้น ๆ ในช่วงต้นคริสต์ทศวรรษ 1990